A questa era annesso l’antico Ospedale dei Convalescenti, documentato fin dal tardo Duecento. La presenza dei frati agostiniani all’interno delle mura cittadine è attestata già nel 1278, e la chiesa di Sant’Agostino, oggi integrata nel complesso, risulta attiva almeno dal 1335. Nel corso dei secoli, le strutture della chiesa di Santa Croce, della chiesa di Sant’Agostino (XIV sec.) e dell’oratorio di Sant’Egidio (XVI sec.) sono state unificate, dando vita a un grande ambiente continuo, oggi destinato all’allestimento museale.  Un recente intervento di pulizia e recupero degli ambienti sotterranei ha portato alla luce importanti testimonianze del passato. È stata riscoperta la chiesa originaria di Santa Croce, con la sua caratteristica scalinata d’accesso, e messi in evidenza gli ambienti ipogei ad essa collegati, un tempo utilizzati come ossari e in contatto diretto con la rete idraulica sotterranea della città medievale. All’interno della chiesa si conservano tracce di affreschi rinascimentali, un raro e prezioso Crocifisso ligneo del XV secolo, e la pala d’altare della Madonna del Rosario, opera realizzata nel XVI secolo dal pittore Giorgio da Orte, figura di rilievo nella storia artistica locale. L’ex chiesa ospita oggi il Museo delle Confraternite di Orte, che raccoglie preziose suppellettili liturgiche, abiti, stendardi e oggetti rituali legati in particolare alla tradizionale processione del Venerdì Santo, uno degli eventi religiosi più importanti per la comunità ortana.